Moderne Impfstoffe haben einen sehr hohen Sicherheitsstandard. Impfstoffe, die neu auf den Markt kommen, müssen zuvor eine Vielzahl von klinischen Prüfungen durchmachen. Die Produktion der Impfstoffe wird dann laufend überwacht. Auch nach der Zulassung sorgen dann ausgeklügelte Meldesysteme dafür, dass eventuell auftretende ungewöhnliche Impfreaktionen zuverlässig erfasst werden: Nach dem geltenden Infektionsschutzgesetz müssen solche Ereignisse an das zuständige Gesundheitsamt gemeldet werden, ebenfalls an die Arzneimittelkommission der Deutschen Ärzteschaft. Diese Meldungen werden zentral im Paul-Ehrlich-Institut erfasst und bewertet.  So wurden in den letzten Jahren nur wenige Impfschäden anerkannt.

Zu bekannten Nebenwirkungen nach Impfstoffgabe gehören Reaktionen an der Injektionsstelle wie Rötung, Erwärmung, Schwellung oder Schmerzhaftigkeit – zumeist von kurzer Dauer. Auch Allgemeinreaktionen wie Fieber, Kopf- und Gliederschmerzen, Mattigkeit können auftreten - sind aber ebenfalls nicht besorgniserregend.

Allergien auf Impfstoffe sind möglich – aber extrem selten. Auch Patienten mit Allergien können bei Beachtung bestimmter Vorsichtsmaßnahme geimpft werden